Afin que les éleveur·ses puissent disposer d’informations toujours plus précises, les estimations de valeurs d’élevage sont régulièrement contrôlées et adaptées. La dernière révision de celle de facilité de naissance permet d’introduire des valeurs d’élevage pour d’autres caractères. Il existe désormais des valeurs d’élevage maternelles pour beef et des valeurs d’élevage génomiques pour la race Limousine. Pour dairy le caractère « durée de gestation » est désormais aussi publié.
Foto: Céline Haas
L’estimation des valeurs d’élevage (EVE) pour les caractères du sevrage et de la carcasse ayant été actualisée ces dernières années, seule l’EVE des caractères de naissance restait encore à revoir. L’ensemble des EVE ont été révisées, pour adapter des processus afin de garantir la norme de qualité automatisée et d’adapter le logiciel utilisé à l’environnement de travail du serveur chez Qualitas AG. Les paramètres génétiques ont également été réestimés et les modèles adaptés en tenant compte des besoins des éleveur·ses ainsi que des collaborations internationales. Le contexte entourant l’EVE génomique a également été optimisé.
Phénotype et données de naissance
La base de l’EVE pour les caractères de naissance est constituée des données sur le poids à la naissance (kg) et la facilité de naissance (1-4) qui sont relevées sur les exploitations. Afin de se situer dans une fourchette similaire au poids à la naissance et à la durée de gestation, les valeurs du caractère « facilité de naissance » ont été transformées. L’échelle a été inversée afin que des chiffres élevés pour l’EVE correspondent à un vêlage facile (300 = sans aide, 200 = aide légère et 100 = aide importante et césarienne). Lorsque des taureaux de race à viande sont utilisés sur du bétail laitier, la date de saillie est également relevée, afin de calculer la durée de gestation (en jours).
Modèles
Les valeurs d’élevage (VE) sont calculées avec des modèles appelés linéaires mixtes, au moyen desquels on s’efforce de dissocier le mieux possible les effets environnementaux des effets génétiques (VE). La première étape consiste à définir les caractères à sélectionner (tableau 1).
| Type d’utilisation | Caractère |
| Utilisation sur du bétail allaitant – beef | Facilité de naissance direct
Facilité de naissance maternel Poids à la naissance direct Poids à la naissance materne |
| Utilisation sur du bétail laitier – dairy | Facilité de naissance direct
Poids à la naissance direct Durée de gestation direct |
Tableau 1 : Caractères pour l’EVE « caractères de naissance »
Dans le modèle utilisé jusqu’ici, on distinguait les types d’utilisation beef et dairy, qu’on évaluait dans un modèle à six caractères. Désormais, les caractères sont estimés dans deux modèles séparés (beef, dairy). Cette séparation permet de mieux distinguer le type d’utilisation. Les évaluations sont pluriraciales : toutes les races avec EVE (Simmental, Swiss Fleckvieh, Holstein, Brown Swiss, Brune originale, Jersey, Montbéliarde, Angus, Aubrac, Charolaise, Limousine, Hereford, Grise, Blonde d’Aquitaine, Salers, Piemontese, Hérens et croisements) sont évaluées ensemble dans une EVE. Pour déterminer si l’animal né est considéré comme beef ou dairy, on se réfère à la fédération d’élevage à laquelle l’exploitation de naissance est affiliée.
En plus des effets environnementaux déjà présents dans le modèle utilisé jusqu’ici (sexe, année*mois, numéro de lactation dans la race maternelle*âge, combinaison des races), l’effet de l’âge au vêlage est aussi pris en compte. En outre, les aspects maternels ont aussi été intégrés pour le bétail allaitant (beef).
Modèles
Pour le modèle beef, l’effet aléatoire n’est pas uniquement constitué de l’animal mais aussi de la mère.
Les paramètres génétiques ont été estimés sur la base des modèles. Ils sont représentés dans l’illustration 2. Les héritabilités se trouvent sur la diagonale et les corrélations génétiques (c’est-àdire les relations génétiques) au-dessus de la diagonale. L’héritabilité de facilité de naissance directe est similaire pour le bétail allaitant et laitier. En revanche, celle du poids à la naissance direct est environ deux fois plus élevée pour le bétail allaitant. L’héritabilité des caractères maternels pour le bétail allaitant est inférieure aux caractères directs ; celle de la durée de gestation pour le bétail laitier correspond aux valeurs des modèles des fédérations d’élevage de bétail laitier. Les corrélations génétiques entre la facilité de naissance et le poids à la naissance sont négatives. Cela signifie que plus un veau est lourd, plus le risque de vêlage difficile est élevé. Pour le bétail allaitant, les corrélations génétiques pour la facilité de naissance et le poids à la naissance entre les caractères directs et maternels sont aussi négatives.
L’interprétation des caractères directs et maternels est illustrée au travers d’un exemple.
Beef
| h2/ corr.gén. |
FNdbeef | PNdbeef | FNmbeef | PNmbeef |
| FNdbeef | 0.17 | -0.63 | -0.53 | 0.39 |
| PNdbeef | 0.47 | 0.24 | -0.72 | |
| FNmbeef | 0.09 | -0.24 | ||
| PNmbeef | 0.08 |
Dairy
| h2/ corr.gén |
FNddairy | PNddairy | DGddairy |
| FNddairy | 0.11 | -0.68 | -0.31 |
| PNddairy | 0.20 | 0.38 | |
| DGddairy | 0.53 |
Abbildung 1: Paramètres génétiques des caractères de naissance. FN : facilité de naissance PN : poids à la naissance, DG : durée de gestation, d : direct, m : maternel. Les héritabilités sont représentées sur la diagonale et les corrélations génétiques entre caractères au-dessus de la diagonale.
Voici un exemple d’interprétation des VE et des corrélations génétiques pour le poids à la naissance et la facilité de naissance pour le bétail allaitant :
| Taureaux / VE Beef |
PNdbeef | PNmbeef | FNdbeef | FNmbeef |
| Taureau A | 114 | 86 | 91 | 105 |
| Taureau B | 91 | 116 | 120 | 88 |
Prenons deux taureaux : A et B. La VE pour le PNdbeef de A est élevée et celle de B est faible ; les veaux du taureau A sont donc plus légers que ceux du taureau B. Les filles du taureau A (VE basse pour le PNmbeef) ont cependant tendance à mettre au monde des veaux plus lourds que les filles du taureau B (VE élevée pour le PNmbeef). B présente une VE élevée pour le FNdbeef et A une VE faible ; les descendants du taureau B vêlent donc plus souvent sans aide que ceux du taureau A. Les filles du taureau B (VE basse pour le FNmbeef) rencontrent toutefois plus de difficultés lors du vêlage que celles du taureau A (VE élevée pour le FNmbeef).
Estimation de la valeur d’élevage des caractères de naissance pour les praticiennes et praticiens: plus d’infos ici.
Les données de naissance, le pedigree et les paramètres génétiques sont les données utilisées pour l’EVE. La base de l’EVE pour le bétail laitier est malheureusement trop petite pour les races Aubrac et Charolaise, raison pour laquelle plus aucune VE n’est publiée pour ces races pour les caractères dairy. Il faut relever que l’orientation des VE pour le poids à la naissance et la durée de gestation est différente de celle des phénotypes : plus une VE pour le poids à la naissance est élevée, plus le poids à la naissance est léger et plus une VE pour la durée de gestation est élevée, plus la durée de gestation est courte. Avec ce modèle optimisé, le contexte pour la sélection génomique des caractères de naissance est nettement amélioré.
Sélection génomique pour la Limousine
Pour le calcul des valeurs d’élevage génomiques directes (VEGD), on utilise des animaux avec une haute sécurité dans les VE conventionnelles. L’effet de chaque marqueur génétique est estimé sur cette base. Les effets sont ensuite combinés avec le génotype pour calculer les VEGD. Contrairement à l’EVE conventionnelle, seuls des animaux limousins sont pris en compte ici. Pour calculer la sécurité des VE génomiques, les 100 animaux les plus jeunes de la population de référence (c’est-à-dire les animaux avec des VE sûres issus des EVE conventionnelles) sont exclus lors de l’estimation des effets (animaux de validation). Une estimation séparée des effets est réalisée avec les animaux restants. La sécurité des VEGD de tous es animaux résulte de la corrélation entre les VEGD et les VE conventionnelles des animaux de validation. Les résultats sont présentés dans l’illustration 2 ci-dessous.
| Caractère | Nombre Training | Sécurité de validation |
| PNdbeef | 5294 | 0.349 |
| PNmbeef | 3454 | 0.538 |
| FNdbeef | 3582 | 0.546 |
| FNmbeef | 2088 | 0.414 |
Abbildung 2: Sécurité des valeurs d’élevage génomiques directes (VEGD) pour les caractères du bétail allaitant pour la Limousine et nombre d’animaux dans l’estimation des effets.
La troisième colonne indique la sécurité des VEGD de la Limousine pour les caractères de naissance beef. La population de référence étant inférieure à 1000 pour dairy les résultats ne sont pas publiables. De grandes variations au sein de la population de référence peuvent entraîner de fortes fluctuations dans les VE. C’est pourquoi aucune VE génomique n’est introduite pour l’instant pour dairy. Pour les caractères beef, les populations de référence sont suffisamment grandes, comme le montre la deuxième colonne, et les sécurités de validation obtenues suffisamment élevées pour permettre une introduction des VE génomiques.
