En avril 2020, les valeurs d’élevage génomiques pour le poids au sevrage direct ont été mises en place pour les animaux de race Limousine. L’accent a été mis notamment sur les caractères des carcasses. Puisque la sécurité résultante n’a de loin pas été atteinte, l’estimation des valeurs d’élevage pour les carcasses a été minutieusement analysée et optimisée.
Photo: Vache Mère Suisse
Background
Comme mentionné ci-dessus, au printemps 2020, suite à une grande action de génotypage, les valeurs d’élevage (VE) génomiques pour le poids au sevrage direct ont été mises en place pour les animaux de race Limousine. La sécurité des VE génomique des autres caractères de sélection a été analysée. L’accent a été mis notamment sur les caractères des carcasses. Un grand nombre d’animaux avec des VE traditionnelles sûres pour ces caractères ont été génotypés afin de s’assurer théoriquement d’une haute sécurité des VE génomiques. En réalité, la sécurité résultante n’a de loin pas été atteinte. Suite à ce résultat inattendu, l’estimation des valeurs d’élevage (EVE) pour les carcasses a été minutieusement analysée et optimisée, afin d’avoir une meilleure situation initiale pour l’estimation des VE génomiques des carcasses.
Phénotype – Données d'abattage
La base de l’EVE pour les caractères de la carcasse est constituée par les données d’abattage qui sont relevées à l’abattoir, tels que la charnure (CHTAX), la couverture graissseuse (1-5) et le poids mort (kg). L’interprofession suisse de la filière viande, Proviande, recense les phénotypes de la plupart des animaux abattus en Suisse taxés par un taxateur Proviande dans l’abattoir.
Lors des dernières EVE, l’ensemble des animaux taxés par Proviande était pris en compte. Lors de l’optimisation de l’EVE, seules les données des animaux en relation avec une fédération d’élevage seront utilisées. Il y a deux raisons pour ce changement. Premièrement, l’ascendance des animaux liés à un herdbook peut être vérifiée. Deuxièmement, un effet de la combinaison de race des parents (voir illustration 1) basé sur un concept de race des fédérations d’élevage est nouvellement inclut dans le modèle d’EVE.
Modèles
Les VE sont calculées avec des modèles appelés linéaires mixtes. Avec de tels modèles, les effets environnementaux sont dissociés de l’effet de la génétique (VE) des animaux. La première étape est de définir le caractère à sélectionner (table 1).
| Catégories d’abattage – Phases de développement |
Systèmes de production | Caractères |
| KV | Engraissement conventionnel
(incl. Natura-Veal) |
Charnure veaux d’étal
Couverture graisseuse veaux d’étal Poids mort veaux d’étal |
| MT, RG, OB | Détention système allaitant
(uniquement Natura-Beef) |
Charnure Natura-Beef
Couverture graisseuse Natura-Beef Poids mort Natura-Beef |
| Engraissement conventionnel
(incl. SwissPrimBeef) |
Charnure gros bétail
Couverture graisseuse gros bétail Poids mort gros bétail |
Table 1: Caractères pour l’EVE des carcasses.
Avant révision, il y avait uniquement une fragmentation de catégories entre veaux d’étal et gros bétail dans le modèle d’EVE. Les six combinaisons de caractères et catégories étaient évaluées ensemble. Avec l’optimisation des modèles, la catégorie Natura-Beef est ajoutée et les caractères sont estimés dans trois modèles séparés (veaux d’étal, Natura-Beef, gros bétail). Les trois caractères de carcasse (charnure, couverture graisseuse, poids mort) sont repris dans chaque EVE. Cette fragmentation permet de mieux prendre en compte la croissance des animaux dans chaque catégorie d’abattage ainsi que les différents systèmes de production. Les évaluations sont pluriraciales : toutes les races (Simmental, Swiss Fleckvieh, Holstein, Brown Swiss, Brune Originale, Jersey, Montbéliarde, Angus, Aubrac, Charolais, Limousin, Hereford, Grises, Blonde d’Aquitaine, Salers, Piemontese, Hérens, ainsi que les croisés) sont évaluées ensemble. Les animaux des catégories d’abattage veaux d’étal et gros bétail proviennent essentiellement de l’engraissement conventionnel. Les veaux sevrés sont uniquement les animaux abattus sous le label Natura-Beef. L’information indiquant si un animal a été abattu en tant que Natura-Beef provient des annonces de l’abattoir basé sur le certificat.
En plus des effets environnementaux déjà présents dans le modèle avant révision (âge à l’abattage, sexe, abattoir, taxateur, exploitation*année), deux effets sont maintenant pris en compte: année*saison et combinaison des races père*mère. L’effet année*saison permet de prendre en compte p.ex. les fourrages d’une année et d’une saison particulière. L’effet de la combinaison des races permet de prendre en compte l’effet de la race du père combiné à la race maternelle. Un nombre important de données est nécessaire pour l’estimation correcte d’un effet. Comme la décomposition exploitation*année ne peut pas être correctement estimée pour le modèle des Natura-Beef, l’effet est remplacé par un effet d’exploitation seulement.
Modèle
Comme la décomposition exploitation*année ne peut pas être correctement estimée pour le modèle des Natura-Beef, l’effet est remplacé par un effet d’exploitation seulement.
Illustration 1 : effets veaux d’étal, effets Natura-Beef, effets gros bétail
Les héritabilités pour la charnure sont similaires pour les veaux d’étal, les Natura-Beef et le gros bétail alors que les héritabilités pour la couverture graisseuse et le poids mort des veaux sevrés sont plus hautes. Les corrélations génétiques entre le poids mort et la charnure ou la couverture graisseuse sont positives et moyennes pour toutes les catégories d’abattage. Au contraire, les corrélations génétiques entre la charnure et la couverture graisseuse sont basses et se comportent différemment pour chaque catégorie d’abattage. Il est difficile de faire une interprétation biologique de ces corrélations car elles ont été estimées avec une évaluation pluriraciale et qu’elles pourraient ne pas être les mêmes avec une évaluation monoraciale.
Veaux d’étal
| H2/ corr.gé. |
C | GRA | PM |
| C | 0.38 | 0.19 | 0.46 |
| GRA | 0.22 | 0.30 | |
| PM | 0.18 |
Natura-Beef
| H2/ corr.gé. |
C | GRA | PM |
| C | 0.42 | -0.06 | 0.45 |
| GRA | 0.39 | 0.42 | |
| PM | 0.55 |
Gros bétail
| H2/ corr.gé. |
C | GRA | PM |
| C | 0.39 | 0.01 | 0.40 |
| GRA | 0.25 | 0.21 | |
| PM | 0.20 |
Illustration 2: paramètres génétiques des caractères de la carcasse. C: charnure; GRA: couverture graisseuse; PM: poids mort; les héritabilités sont sur la diagonale et les corrélations génétiques entre caractères sont au-dessus de la diagonale.
Les données d’abattage, le pedigree et les paramètres génétiques sont les données entrantes pour l’EVE. Avec ces modèles optimisés, la situation de départ pour la sélection génomique est nettement améliorée.
Sélection génomique pour la Limousine
Pour le calcul des valeurs d’élevage génomiques directes (VEGD), seuls les animaux avec une haute sécurité dans les VE conventionnelles sont utilisés. L’effet de chaque marqueur génétique est estimé sur cette base. Les effets sont ensuite combinés avec le génotype pour calculer les VEGD. Seuls les animaux limousins sont pris en compte pour la sélection génomique. Les cent animaux les plus jeunes de la population de référence sont exclus lors de l’estimation des effets. Ils définissent le groupe d’animaux de validation. Une fois les effets des marqueurs génétiques estimés avec les animaux de référence restant, les VEDG des animaux de validation sont comparé avec leur VE traditionnelles. Finalement, la sécurité des VEDG de tous les animaux génotypés est la corrélation entre les VEDG et les VE conventionnelles des animaux de validation. Les résultats sont représentés dans l’illustration 3.
| Caractère | Nombre animaux dans la base de référence | S% VEGD |
| CNB | 2924 | 0.309 |
| GRANB | 2937 | 0.402 |
| PMNB | 3021 | 0.232 |
| CMT | 1991 | 0.322 |
| GRAMT | 1794 | 0.177 |
| PMMT | 1860 | 0.220 |
Illustration 3: Sécurité (S%) des valeurs d’élevage génomiques directes (VEGD) ainsi que le nombre d’animaux dans l’estimation des effets. NB: Natura-Beef; MT: gros bétail; C: charnure; GRA: couverture graisseuse; PM: poids mort.
La population de référence pour les veaux d’étal est en-dessous de 1000. Une population de référence trop petite peut engendrer de grandes variations des effets estimés d’une EVE à l’autre. C’est pourquoi les VE génomiques pour les veaux d’étal ne sont pas publiées pour l’instant. Les sécurités des deux autres catégories d’abattage sont nettement supérieures à celles des sécurités des valeurs d’ascendance. C’est la raison pour laquelle, la sélection génomique pour les caractères des Natura-Beef et du gros bétail peut être mise en place.
